牛奶蛋白引起的過敏癥狀是一種變態反應，它首先發生于皮膚、接著是胃腸道、呼吸道，而乳糖不耐癥是因機體缺乏乳糖酶引起的，它主要表現為上腹部緊張、疼痛、嘔吐、腹瀉等胃腸道癥狀。一般來說，人類胃腸中的乳糖酶在嬰兒期后慢慢消失并因此不能消化乳糖。而有些嬰幼兒失去乳糖的時間比正常寶寶早。

牛奶、羊奶和母乳的基本糖份都是乳糖，這些嬰幼兒由于不能消化乳糖就會產生和牛奶過敏的嬰兒類似的胃腸道反應，要注意結合其它癥狀鑒別。對于乳糖不耐受的嬰兒，可食用無乳糖嬰兒配方奶粉。

對于牛奶蛋白過敏的嬰兒，可選擇蛋白水解配方奶粉，它不僅可對付牛奶蛋白過敏，還可對付植物蛋白引起的過敏。它的原理是將蛋白質的分子結構變小，使之易于消化，但這必須在醫生指導下食用。